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Inaugurado en 2003, como lugar donde empaparse de la cultura marinera y las tradicciones de un pueblo que siempre ha mirado a la mar, está ubicado en plena Ría de Bilbao, formando parte del nuevo Paseo de Abandoibarra (donde también se encuentran el Museo Guggenheim y el Palacio Euskalduna de Congresos y de la Música).

Cuenta con dos amplios espacios expositivos: el edificio interior, "excavado" bajo la rotonda de Euskalduna, de 7.000 metros cuadrados, y la zona de los diques del histórico astillero Euskalduna de 20.000 metros cuadrados, donde se encuentran las embarcaciones de la colección y la emblemática grúa Carola.